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基础医学研究所

  • 姓 名:

    陈阳

  • 单 位:

    中国医学科学院基础医学研究所

  • 教职岗位:

    助理教授

  • 聘任时间:

    2020-12-25

  • 一级学科:

    生物学

  • 二级学科:

    生物化学与分子生物专业

  • 联系方式:

    yc@ibms.pumc.edu.cn

  • 导师风采链接:
    https://sbm.pumc.edu.cn/rcdw/ktzc/swhxyfzswxx/8f79adcce3e048bba1ec55d875ea7280.htm

个人简介

陈阳,1979年生,基础医学研究所院研究员,博士生导师。曾获评2021年度中国生物信息学十大进展、2018年度中国生物信息学十大进展。1998-2002年在中山大学药学专业、计算机辅修专业学习,获学士学位。2002-2005年在中国协和医科大学医学生物学研究所免疫学专业学习,获硕士学位。2005-2008年在中国协和医科大学医学生物学研究所生物化学与分子生物专业学习,获博士学位。
     老虎机游戏引进人才,2020年加入老虎机游戏。曾于2008-2011年在清华大学自动化系控制科学与工程博士后站进行博士后研究。于2011-2019年在清华大学信息国家研究中心任职助理研究员、副研究员,主要从事基因组与生物信息学研究。


主要研究内容

从事基因组学与生物信息学研究。承担和参与科技部重点研发项目、国家基金委重大、重点、面上项目等十余项课题。其研究小组与合作者通过分子生物学、基因组学和计算机科学交叉,开发了业界广泛使用的染色质构象捕获技术BL-Hi-C;建立了SEE等一系列染色质空间结构与功能解析AI方法;发现了转录因子调控染色质结构的新规律;开发了国际上首个组织空间单细胞核代谢组技术SEAM。发表论文70余篇,代表性论文发表在?Nature Methods(2021)、Nature Communications(2022,2017)、Advanced Science(2025)、Genome Biology(2022,2015)?、Elife(2024)?等期刊。获得专利7项,软著4项。成果获2022年中华医学科技奖二等奖,入选2018年度、2021年度中国生物信息学十大进展。


代表性成果

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1. Minghong Li#, Yurong Yang#, Rucheng Wu, Haiyan Gong, Zan Yuan, Jixin Wang, Erping Long, Xiaotong Zhang* and Yang Chen*. SEE: a method for predicting the dynamics of chromatin conformation based on single-cell gene expression.  ADVANCED SCIENCE, 7 January 2025. (IF=14.3)

2. Haiyan Gong#, Yi Yang, Xiaotong Zhang*, Minghong Li, Sichen Zhang, Yang Chen*. CASPIAN: A Method to Identify Chromatin Topological Associated Domains based on Spatial Density Cluster. Computational and Structural Biotechnology Journal,2022,20:4816-4824. (IF=6.155)

3. Ruiting Wang#, Fengling Chen, Qian Chen, Xin Wan, Minglei Shi, Antony K. Chen, Zhao Ma, Guohong Li, Min Wang, Yachen Ying, Qinyao Liu, Hu Li, Xu Zhang, Jinbiao Ma, Jiayun Zhong, Meihong Chen, Michael Q. Zhang*, Yong Zhang*, Yang Chen*, Dahai Zhu*. MyoD is a 3D genome structure organizer for muscle cell identity. Nature Communications,2022,13:205. (IF=16.6)

4. Zhiyuan Yuan#, Qiming Zhou#, Lesi Cai#, Lin Pan, Weiliang Sun, Shiwei Qumu , Si Yu, Jiaxin Feng, Hansen Zhao, Yongchang Zheng, Minglei Shi, Shao Li, Yang Chen*,  Xinrong Zhang*, Michael Q. Zhang*. SEAM is a spatial single nuclear metabolomics method for dissecting tissue microenvironment. Nature Methods,2021,18(10):1223-1232. (IF=48)

5. Shuai Jiang#, Hao Li, Hao Hong, Guifang Du, Xin Huang, Yu Sun, Junting Wang, Huan Tao, Kang Xu, Cheng Li, Yang Chen*, Hebing Chen*, Xiaochen Bo*. Spatial density of open chromatin: an effective metric for the functional characterization of topologically associated domains. Briefings in Bioinformatics,2021,22(3):bbaa210. (IF=13.994)

6. Minglei Shi#, Kaiqiang You, Taoyu Chen, Chao Hou, Zhengyu Liang, Mingwei Liu, Jifeng Wang, Taotao Wei, Jun Qin, Yang Chen*, Michael Q Zhang*, Tingting Li*. Quantifying the phase separation property of chromatin-associated proteins under physiological conditions using an anti-1,6-hexanediol index.?Genome Biology,2021,22:229. (IF=17.906)

7. Kaiqiang You#, Qi Huang,  Chunyu Yu,  Boyan Shen,  Cristoffer Sevilla, MingleiShi,  HenningHermjakob*,  Yang Chen*,  Tingting Li*. PhaSepDB: a database of liquid–liquid phase separation related proteins.?Nucleic Acids Research,2020,48(D1):D354-D359. (IF=10.727)

8. Mohamed Nadhir Djekidel#, Yang Chen*, Michael Q. Zhang*. FIND: difFerential chromatin INteractions Detection using a spatial Poisson process, Genome Research, 2018, 28:1-11. (IF=11.22)

9. Fengling Chen#, Guipeng Li, Michael Q Zhang, Yang Chen*. HiCDB: a sensitive and robust method for detecting contact domain boundaries. Nucleic Acids Research, 2018, 46, 11239-11250. (IF=14.9)

10. Zhengyu Liang#, Guipeng Li, Zejun Wang, Mohamed Nadhir Djekidel, Yanjian Li, Min-Ping Qian, Michael Q. Zhang*, Yang Chen*. BL-Hi-C is an efficient and sensitive approach for capturing structural and regulatory chromatin interactions, Nature Communications, 2017, 8:1622. (IF=16.6)